尽管Linux操作系统很受欢迎，在操作系统中有着自己坚固的立足点，但其在桌面系统市场上却占有很少的市场份额。其不能成为主流的部分原因应归咎于各种版本的Linux不相兼容，这使用户难以知道一种软件是否能在一台具体的Linux桌面系统上进行运行。据自由标准集团的执行主任吉姆表示，而Linux操作系统的这一缺陷也这正是Windows操作系统的优点，Linux操作系统在这方面应向Windows操作系统看齐。

 

　　标准化是普及的前提。FSG此前推出了服务器版Linux操作系统的标准Linux Standard Base，最新的Linux Standard Base 3.1将第一次包括针对桌面系统的标准。Xandros、Novell、Red Hat、Debian、Ubuntu等都将推出支持这一标准的产品。此外，Linux Standard Base 3.1还实现了对KDE和GNOME两种Linux操作系统图形用户环境的兼容，这将意味着符合Linux Standard Base 3.1标准的应用软件能够同时在两种图形用户环境中运行。

    然而，开发商是否会开发用户所需要的全部软件的Linux版本目前还不清楚。此外，由于大多数的PC厂商都预装Windows操作系统，而Linux操作系统却只有很少一部分厂商，这也是桌面Linux普及的又一个障碍。